Amnesty International z zadowoleniem przyjęło oświadczenie prezydent Litwy Dalii Grybauskaite, w którym zapewnia, że jej rząd przeprowadzi dochodzenie w sprawie zarzutów ws. tajnych więzień CIA na Litwie, w których to pracownicy CIA mieliby przesłuchiwać więźniów podejrzanych o terroryzm po zamachach 11 września 2001 r. Amnesty International wzywa władze Litwy, aby dochodzenie w tej sprawie było w pełni skuteczne i bezstronne.
W relacji upublicznionej 20 sierpnia na antenie amerykańskiego programu telewizyjnego ABC News, cytowane anonimowe źródła CIA podają, że Litwa współorganizowała w pobliżu Wilna miejsca zatrzymania dla aresztantów o „dużym znaczeniu”, którzy byli przetrzymywani i przesłuchiwani przez CIA do końca 2005 roku. Zgodnie z tymi informacjami w tym miejscu podczas tajnej operacji było przetrzymywanych do ośmiu więźniów podejrzanych o terroryzm. To odkrycie wymusiło na prezydent Grybauskaite decyzję o utworzeniu specjalnej komisji parlamentarnej, która zajmie się zbadaniem zarzutów.
Litwa jest ostatnim europejskim krajem, który prawdopodobnie we współpracy z rządem Stanów Zjednoczonych miał współpracować przy więzieniu i przesłuchiwaniu aresztantów podejrzanych o terroryzm. Miało dochodzić do przymusowych zaginięć, a wielu z więźniów miało być przesłuchiwanych przy pomocy tortur i maltretowania, których stosowanie narusza prawo amerykańskie, europejskie i międzynarodowe. Komisje dochodzeniowe Parlamentu Europejskiego i Rady Europy, a także organizacje pozarządowe i media jako miejsca tajnych więzień CIA wymieniły także Polskę i Rumunię. Dochodzenia w tych krajach usiane są problemami, łącznie z tym, że główne agencje rządowe nie chcą w pełni współpracować w procesach dochodzeniowych.
Amnesty International ponagla litewskie władze do uniknięcia omyłek innych krajów europejskich i przeprowadzenia pełnego, efektywnego, niezależnego i bezstronnego dochodzenia. Celem śledztwa powinno być zbadanie domniemanej roli litewskich funkcjonariuszy państwowych a także użytku terytorium państwa w połączeniu z tajnym więzieniem i przymusowymi zaginięciami oraz prawdopodobnym udziałem litewskich agentów państwowych w innych naruszeniach prawa człowieka, w tym torturach. Dochodzenie powinno przebiegać przy możliwie jak największej przejrzystości, a jego skala, metodologia czy wyniki powinny być upublicznione. Przesłuchania powinny być publiczne, a o każdym żądaniu o nieujawnianie dowodów powinno decydować ciało niezależne od litewskiej władzy wykonawczej.
Brak przejrzystości w dochodzeniu w innych krajach doprowadził do zablokowania ustalenia pełnej odpowiedzialności zaangażowania europejskich krajów w te naruszające praktyki. Polski prokurator generalny rozpoczął we wrześniu 2008 dochodzenie dotyczące roli Polski w zapewnieniu CIA więzienia w Kiejkutach, niedaleko lotniska w Szymanach w północno-wschodniej Polsce. Jednak polski rząd nie współpracował całkowicie podczas dochodzenia, twierdząc, że „tajemnica państwowa” nie zezwala na ujawnienie kluczowych dowodów, gdyż mogłoby to zagrażać bezpieczeństwu narodowemu. Komisja dochodzeniowa ustanowiona przez rząd rumuński w 2006 roku stwierdziła, że żadne tajne więzienie na rumuńskiej ziemi nie istniało, pomimo ostrej krytyki ze strony Amnesty International i innych organizacji dotyczącej niskiej jakości dochodzenia, braku przejrzystości co do jego skali i metod oraz braku współpracy ze strony władz rumuńskich.
Rada Europy i Parlament Europejski przedstawiły dokładne raporty dotyczące zaangażowania państw europejskich w przesłuchania i tajne więzienia CIA i ponaglały państwa członkowskie do pełnego dochodzenia dotyczącego zarzutu współpracy w tych poważnych przypadkach łamania praw człowieka. W oświadczeniu wydanym 21 sierpnia 2009 szwajcarski senator Dick Marty, specjalny sprawozdawca do spraw tajnych więzień w ramach Komitetu do Spraw Prawnych i Praw Człowieka Zgromadzenia Parlamentarnego przy Radzie Europy stwierdził, że jego własne tajne źródła wydają się potwierdzać raporty na temat tajnego więzienia na Litwie. Senator Marty ponaglił europejskie rządy do „oczyszczenia” poprzez wzięcie odpowiedzialności za udział w tym „wstydliwym epizodzie” i do unikania nieuzasadnionego powoływanie się na „sekrety państwowe” w celu blokowania pełnego ujawnienia istotnych informacji.
Ogłoszenie Erica Holdena, amerykańskiego prokuratora generalnego z 24 sierpnia 2009 o tym, że amerykański Departament Sprawiedliwości rozpocznie wstępne badania nad niektórymi przesłuchaniami więźniów w tajnym programie, pozwoli na ustalenie wzorca dla większej odpowiedzialności po obu stronach Atlantyku. Niezależne i bezstronne dochodzenie dotyczące zarzutów istnienia tajnego więzienia na terytorium państwa przeprowadzone przez rząd litewski mogłoby stać się przykładem dla reszty państw europejskich i prowadzić do takiej właśnie odpowiedzialności.
