W 1987 roku za sprzeciw wobec odbywania służby wojskowej przetrzymywano co najmniej 22 więźniów sumienia, a z podobnych przyczyn więziono setki innych. Wiele osób aresztowano, przetrzymywano na krótki okres czasu oraz poddawano innym formom prześladowania za pokojowe wyrażanie swoich przekonań. Często donoszono o biciu więźniów. Co najmniej dwie osoby skazane za morderstwo zostały stracone.
Procesy sądowe dotyczące zarzutów o charakterze politycznym pozornie zostały zaprzestane po amnestii z 1986 roku (patrz: Raport Amnesty International 1987). Jednakże, zgodnie z prawodawstwem, które weszło w życie w październiku 1986 roku, przypadki osób aresztowanych za angażowanie się w „działalność zmierzającą do wzniecania publicznego niepokoju”, za nielegalne publikacje i członkostwo w zakazanych organizacjach, przekazywano kolegium do spraw wykroczeń. Sądy te mogły orzec karę do 3 miesięcy pozbawienia wolności lub 50000 zł grzywny, a także zastosować „przyśpieszoną procedurę”. Z powodu uproszczonych i szybkich postępowań sądowych, oskarżeni często mieli niewystarczający czas na przygotowanie się do obrony.
Artykuł 140 ustawy o powszechnym obowiązku obrony Polskiej Republiki Ludowej wprowadza „zastępczą służbę wojskową”, ale ta faktycznie nie odbiega formą od obowiązkowej służby wojskowej. Ci, którzy odrzucają służbę zastępczą z powodów moralnych, podlegają więzieniu i wówczas, Amnesty International traktuje ich jako więźniów sumienia. Jednym z takich więźniów był Zenon Katulski – świadek Jehowy, który przebywał w areszcie w 1987 roku. 23 grudnia został skazany na mocy artykułu 305 kodeksu karnego na karę 3,5 roku pozbawienia wolności za odmowę z pobudek religijnych odbycia służby wojskowej, jak również zastępczej służby wojskowej. Według doniesień, aż stu innych świadków Jehowy odbywało karę więzienia w 1987 roku za odmowę odbycia obowiązkowej służby wojskowej. Niewiele informacji było dostępnych odnośnie indywidualnych przypadków, jednakże 14 świadków Jehowy, oprócz Zenona Katulskiego, została wcześniej zidentyfikowana. Przypuszczalnie, pod koniec roku odbywali oni wyroki od 2,5 do 3 lat pozbawienia wolności.
Niektórym z osób uchylającym się od służby w wojsku z innych – niż religijne – względów, zaproponowano zastępczą służbę wojskową, podczas gdy innym nie zezwolono na taki wariant. Jacek Borcz, aresztowany 5 października i skazany 17 listopada na 3 lata więzienia, był jednym z 12 więźniów sumienia pochodzących z nieoficjalnego ruchu „Wolność i Pokój” (WiP), których zatrzymano w 1987 roku za odmowę odbycia służby wojskowej po odrzuceniu próśb o odbycie zastępczej służby. Polskie prawo zezwala milicji na zatrzymanie na czas 48 godzin bez oskarżenia. Przepis ten był używany w celu uniemożliwienia ludziom udziału w demonstracjach pokojowych. Liderzy zawieszonego związku zawodowego Solidarność – Henryk Wujec, Wiktor Kulerski i Konrad Bieliński znajdowali się wśród uwięzionych przez milicję 30 kwietnia w Warszawie najwidoczniej, aby zapobiec ich udziałowi w pokojowych demonstracjach planowanych na 1 maja. Lista innych osób uwięzionych z podobnych powodów we Wrocławiu obejmowała Tadeusza Jakubowskiego – profesora uniwersytetu, Zuzannę Dąbrowską – studentkę i Tomasza Wacko – aktywisty WiP. Gwido Zlatkes – inny działacz WiP, dwukrotnie między 4 i 8 maja, został aresztowany i uwięziony na 48 godzin. Po raz drugi aresztowano go w ciągu kilku minut po jego uwolnieniu z aresztu, najwyraźniej w celu powstrzymania go od wzięcia udziału w nieoficjalnym seminarium pokojowym w Warszawie organizowanym przez WiP. Według doniesień, 20 innych członków WiP uwięziono i tym samym uniemożliwiono im uczestnictwo w działalności organizacji. Często donoszono o biciu więźniów. W marcu skazano za posiadanie nielegalnych publikacji Krzysztofa Kowalskiego oraz Dariusza Stolarskiego i ukarano ich karą grzywny w wysokości 50000 złotych przez płockie kolegium do spraw wykroczeń na podstawie 52 artykułu kodeksu wykroczeń. Jak donoszono, obaj mężczyźni byli bici przez strażników przed rozpoczęciem rozprawy sądowej. Mówiono, że Krzysztof Kowalski został uderzony pięścią w brzuch i bity w okolice głowy jak również, iż stracił on przytomność zarówno przed jak i po rozprawie sądowej. Po procesie był hospitalizowany i pozostał w szpitalu co najmniej do 4 kwietnia ze wstrząsem oraz obrażeniem oka. W czasie jego aresztu był poddawany leczeniu w klinice neurologicznej za obrażenia odniesione w trakcie bicia przez przesłuchującą go16 grudnia 1986 roku milicję.
W czerwcu, Amnesty International napisała do ministra spraw wewnętrznych o śmierci Mirosława Bednarka rzekomo wywołanej obrażeniami odniesionymi podczas jego przetrzymywania w więzieniu sił bezpieczeństwa. 21 grudnia 1986 roku Milicja Obywatelska przetransportowała Bednarka, cierpiącego z powodu wybitego zęba i przeciętych ust, do szpitala w Kutnie. Według doniesień, po wstępnych badaniach lekarskich w szpitalu został przez milicję zabrany. Następnego dnia rano przywieziono go z powrotem nieprzytomnego i cierpiącego na zewnętrzne obrażenia głowy, krwotok podczaszkowy oraz groźne potłuczenia na plecach i udach. Operacja mająca uratować mu życie nie powiodła się i 29 grudnia 1986 roku Bednarek zmarł. Dowódca Milicji Obywatelskiej twierdził, iż Mirosław Bednarek doznał obrażeń, które doprowadziły do jego śmierci, w wyniku upadku z jego więziennego łóżka. Jednakże, informacja otrzymana przez Amnesty International wskazywały, że zmarł on w rezultacie złego traktowania podczas przetrzymywania. Organizacja przedstawiła jego sprawę do Specjalnego Sprawozdawcy Organizacji Narodów Zjednoczonych ds. pozasądowych egzekucji i zaginięć. Amnesty International nie otrzymała żadnej odpowiedzi od władz, ale stała misja Polski przy Narodach Zjednoczonych potwierdziła w październiku 1987 roku przed Specjalnym Sprawozdawcą Organizacji Narodów Zjednoczonych, że „środki przymusu, jakie zastosowano w stosunku do niego, to milicyjna pałka” oraz, iż kontynuowane jest śledztwo dotyczące okoliczności jego śmierci.
W ciągu roku Amnesty International apelowało o uwolnienie więźniów sumienia i zażądało od władz przeprowadzenie dochodzenia w sprawie złego traktowania więźniów.
Tłumaczenie: Magdalena Sobańska i Aleksandra Czapska
