W relacji upublicznionej 20 sierpnia na antenie amerykańskiego programu telewizyjnego ABC News, cytowane anonimowe źródła CIA podają, że Litwa współorganizowała w pobliżu Wilna miejsca zatrzymania dla aresztantów o -dużym znaczeniu-, którzy byli przetrzymywani i przesłuchiwani przez CIA do końca 2005 roku. Zgodnie z tymi informacjami w tym miejscu podczas tajnej operacji było przetrzymywanych do ośmiu więźniów podejrzanych o terroryzm. To odkrycie wymusiło na prezydent Grybauskaite decyzję o utworzeniu specjalnej komisji parlamentarnej, która zajmie się zbadaniem zarzutów.
Litwa jest ostatnim europejskim krajem, który prawdopodobnie we współpracy z rządem Stanów Zjednoczonych miał współpracować przy więzieniu i przesłuchiwaniu aresztantów podejrzanych o terroryzm. Miało dochodzić do przymusowych zaginięć, a wielu z więźniów miało być przesłuchiwanych przy pomocy tortur i maltretowania, których stosowanie narusza prawo amerykańskie, europejskie i międzynarodowe. Komisje dochodzeniowe Parlamentu Europejskiego i Rady Europy, a także organizacje pozarządowe i media jako miejsca tajnych więzień CIA wymieniły także Polskę i Rumunię. Dochodzenia w tych krajach usiane są problemami, łącznie z tym, że główne agencje rządowe nie chcą w pełni współpracować w procesach dochodzeniowych.
Amnesty International ponagla litewskie władze do uniknięcia omyłek innych krajów europejskich i przeprowadzenia pełnego, efektywnego, niezależnego i bezstronnego dochodzenia. Celem śledztwa powinno być zbadanie domniemanej roli litewskich funkcjonariuszy państwowych a także użytku terytorium państwa w połączeniu z tajnym więzieniem i przymusowymi zaginięciami oraz prawdopodobnym udziałem litewskich agentów państwowych w innych naruszeniach prawa człowieka, w tym torturach. Dochodzenie powinno przebiegać przy możliwie jak największej przejrzystości, a jego skala, metodologia czy wyniki powinny być upublicznione. Przesłuchania powinny być publiczne, a o każdym żądaniu o nieujawnianie dowodów powinno decydować ciało niezależne od litewskiej władzy wykonawczej.
Brak przejrzystości w dochodzeniu w innych krajach doprowadził do zablokowania ustalenia pełnej odpowiedzialności zaangażowania europejskich krajów w te naruszające praktyki. Polski prokurator generalny rozpoczął we wrześniu 2008 dochodzenie dotyczące roli Polski w zapewnieniu CIA więzienia w Kiejkutach, niedaleko lotniska w Szymanach w północno-wschodniej Polsce. Jednak polski rząd nie współpracował całkowicie podczas dochodzenia, twierdząc, że -tajemnica państwowa- nie zezwala na ujawnienie kluczowych dowodów, gdyż mogłoby to zagrażać bezpieczeństwu narodowemu. Komisja dochodzeniowa ustanowiona przez rząd rumuński w 2006 roku stwierdziła, że żadne tajne więzienie na rumuńskiej ziemi nie istniało, pomimo ostrej krytyki ze strony Amnesty International i innych organizacji dotyczącej niskiej jakości dochodzenia, braku przejrzystości co do jego skali i metod oraz braku współpracy ze strony władz rumuńskich.
Rada Europy i Parlament Europejski przedstawiły dokładne raporty dotyczące zaangażowania państw europejskich w przesłuchania i tajne więzienia CIA i ponaglały państwa członkowskie do pełnego dochodzenia dotyczącego zarzutu współpracy w tych poważnych przypadkach łamania praw człowieka. W oświadczeniu wydanym 21 sierpnia 2009 szwajcarski senator Dick Marty, specjalny sprawozdawca do spraw tajnych więzień w ramach Komitetu do Spraw Prawnych i Praw Człowieka Zgromadzenia Parlamentarnego przy Radzie Europy stwierdził, że jego własne tajne źródła wydają się potwierdzać raporty na temat tajnego więzienia na Litwie. Senator Marty ponaglił europejskie rządy do -oczyszczenia- poprzez wzięcie odpowiedzialności za udział w tym -wstydliwym epizodzie- i do unikania nieuzasadnionego powoływanie się na -sekrety państwowe- w celu blokowania pełnego ujawnienia istotnych informacji.
Ogłoszenie Erica Holdena, amerykańskiego prokuratora generalnego z 24 sierpnia 2009 o tym, że amerykański Departament Sprawiedliwości rozpocznie wstępne badania nad niektórymi przesłuchaniami więźniów w tajnym programie, pozwoli na ustalenie wzorca dla większej odpowiedzialności po obu stronach Atlantyku. Niezależne i bezstronne dochodzenie dotyczące zarzutów istnienia tajnego więzienia na terytorium państwa przeprowadzone przez rząd litewski mogłoby stać się przykładem dla reszty państw europejskich i prowadzić do takiej właśnie odpowiedzialności.
