Trwający od ponad pięciu lat konflikt zbrojny w Republice Czeczenii charakteryzuje się naruszeniami praw człowieka i międzynarodowego prawa humanitarnego, popełnianymi na szeroką skalę przez obie strony konfliktu. Ich sprawcy pozostają przeważnie bezkarni, a ci, którzy usiłują szukać sprawiedliwości, spotykają się z represjami.
Przyjęcie w marcu 2003 roku nowej konstytucji oraz wybory prezydenckie na początku października zeszłego roku nie unormowały sytuacji w Republice Czeczenii. Zamiast rządów prawa mają miejsce pozasądowe egzekucje, „zaginięcia” i tortury, w tym gwałty i morderstwa oraz ataki przeprowadzane przez zbrojne ugrupowania opozycyjne. Naruszenia praw człowieka rozprzestrzeniły się na sąsiednią Inguszetię, która dotychczas była uważana za względnie bezpieczne miejsce.
Rosyjskie siły federalne i milicja czeczeńska nadal organizują rajdy wojskowe, tzw. zaczistki, których celem jest „wyłapanie bojowników czeczeńskich”. Takim operacjom rutynowo towarzyszą poważne akty łamania praw człowieka, a wielu Czeczenów – głównie mężczyzn i chłopców – zostaje zabitych lub uznanych za „zaginionych”. Naruszenia obejmują pozasądowe egzekucje, „zaginięcia” i tortury, w tym gwałt. Można je uznać za zbrodnie wojenne.
Czeczeni zatrzymani podczas rajdów wojskowych wciąż są przetrzymywani w nieoficjalnych miejscach zatrzymań, zwanych także obozami filtracyjnymi. Często poddaje się tam ich torturom i brutalnemu traktowaniu. Uważa się, iż wzrosła liczba nieoficjalnych miejsc zatrzymań prowadzonych przez członków jednostek zbrojnych pod kontrolą Ramzana Kadyrowa, syna zamordowanego prezydenta Republiki Ahmeda Kadyrowa, który w maju 2004 został mianowany na stanowisko wicepremiera Czeczenii.
Od czasu wybuchu jesienią 1999 roku drugiego konfliktu w Czeczenii „zaginęły” tam tysiące Czeczenów. Wielu z nich zostało zabranych z domów w czasie zaczistek, innych zatrzymano podczas kontroli dokumentów. Ich rodziny nie wiedzą nic o ich losie. Niektórzy „zaginieni” mogą być nadal żywi, przetrzymywani w nieoficjalnych miejscach zatrzymań. Niektórzy mogą być martwi i pochowani w grobach, których jeszcze nie odkryto. Ciała innych mogły zostać spalone, aby utrudnić ich identyfikację. Gdziekolwiek znajdowane są masowe lub indywidualne groby, przybywają tam rodziny osób „zaginionych” z nadzieją i obawą, że znajdą tam szczątki swoich bliskich.
W pierwszym okresie obecnego konfliktu zbrojnego Amnesty International udokumentowała kilka przypadków Czeczenek, które były przez członków sił zbrojnych torturowane, gwałcone, brutalnie traktowane lub „zaginęły”. Wśród zamachowców, którzy w październiku 2002 wzięli zakładników w moskiewskim teatrze było wiele kobiet. Od tego czasu kilka kobiet czeczeńskich brało udział w samobójczych zamachach na Północnym Kaukazie i w Moskwie. Wydaje się być to efektem wzrostu liczby ataków na kobiety w Republice Czeczenii, popełnianych przez rosyjskie i czeczeńskie siły zbrojne.
Czeczeńscy cywile, którzy skarżyli się przed Europejskim Trybunałem Praw Człowieka, oraz ci, którzy bronili ofiar, są teraz poddawani torturom i brutalnemu traktowaniu, a nawet pozasądowym egzekucjom. Rosyjskie służby specjalne cieszą się w Czeczenii niemal zupełną bezkarnością, mimo iż popełniają poważne naruszenia praw człowieka i międzynarodowego prawa humanitarnego.
Tysiące uchodźców wewnętrznych przebywających w obozach namiotowych w Inguszetii zostało zmuszonych do powrotu do Czeczenii. Władze stosowały mieszaninę gróźb i zachęt, aby nakłonić ich do powrotu, którego obawiali się ze względu na niepewną sytuację i brak bezpieczeństwa w Czeczenii. Ci, którzy zostali w Inguszetii, musieli się wynieść z zamykanych obozów i znaleźć sobie inne mieszkania.
Łamanie praw człowieka, będące cechą charakterystyczną konfliktu w Czeczenii, rozprzestrzeniło się na Inguszetię. W 2003 roku pojawiały się doniesienia o wzrastającej liczbie ataków na czeczeńskie siedziby i inguskie wioski, dokonywanych przez granicę najprawdopodobniej przez federalne i czeczeńskie siły zbrojne. W pierwszych miesiącach 2004 roku „zaginęły” podobno dziesiątki ludzi, a działacze praw człowieka udokumentowali wiele doraźnych egzekucji i ataków na ludność cywilną, które kończyły się ofiarami śmiertelnymi i poważnymi obrażeniami u innych.
Amnesty International jest wciąż bardzo zaniepokojona trwającym cyklem naruszeń praw człowieka w Republice Czeczenii, popełnianych w poczuciu bezkarności, a także brakiem dochodzeń w sprawie dawnych naruszeń. Głoszona przez władze „normalizacja” charakteryzuje się brakiem szacunku dla rządów prawa i bezpieczeństwa jednostek.