Amnesty International była zaniepokojona aresztowaniami i zatrzymaniami setek więźniów sumienia i przyjęła z zadowoleniem uwolnienie ich w związku z szeroko zakrojoną amnestią. Do organizacji dotarły informacje, że niektórzy więźniowie polityczni byli torturowani a innym odmówiono prawa do adwokata z wyboru. Zajmowano się również ustawodawstwem, które naruszało prawo do sprawiedliwego procesu i krótkotrwałymi zatrzymaniami ludzi za pokojowe korzystanie z ich prawa do wolności słowa. Amnesty International zajmowało się też karą śmierci.
Według oficjalnych danych w marcu było 159 więźniów politycznych. Do lipca, według Amnesty International, było ponad 250 więźniów politycznych, z których większość została aresztowana po ograniczonym akcie łaski ogłoszonym w listopadzie 1985 roku (patrz: Raport Amnesty International 1986). Większość została zatrzymana w związku ze swoim zaangażowaniem w podziemną działalność zakazanego Związku Zawodowego „Solidarność” lub produkcję i dystrybucję nielegalnej literatury i została uznana przez Amnesty International za więźniów sumienia.
Zbigniew Bujak był przewodniczącym „Solidarności” w Warszawie i członkiem założycielem Tymczasowego Komitetu Koordynacyjnego (TKK) – podziemnych władz „Solidarności” utworzonych po wprowadzeniu stanu wojennego w grudniu 1981 roku. Został aresztowany 31 maja po okresie ukrywania trwającym od wprowadzenia stanu wojennego. Został oskarżony o przygotowania do obalenia państwa z art. 128 kodeksu karnego. Tego samego dnia aresztowano Ewę Kulik, według doniesień organizatorkę prasy podziemnej w Warszawie, która również ukrywała się od wprowadzenia stanu wojennego, i Konrada Bielińskiego, który uciekł z obozu dla internowanych w stanie wojennym w 1982 roku i dołączył do TKK w Warszawie. Julita i Tomasz Mirkowiczowie, w których mieszkaniu aresztowano Zbigniewa Bujaka, zostali aresztowani 18 sierpnia, dzień po ich powrocie z USA. W związku z zatrzymaniem Zbigniewa Bujaka aresztowano również: Alicję Komorowską i Zbigniewa Lewickiego, którzy według doniesień mieli klucze do mieszkania; ojca Julity Markowicz, wyższego urzędnika MSZ. Wszyscy zostali uwolnieni we wrześniu jako objęci amnestią.
Amnesty International zajęła się sprawą Zbigniewa Bogacza i czterech innych osób z Katowic. Zostali on skazani 9 kwietnia przez sąd okręgowy w Mikołowie na kary od półtora do trzech lat pozbawienia wolności za produkcję i rozpowszechnianie ulotek wzywających do 15-minutowego strajku. Oni również zostali objęci amnestią i zwolnieni.
17 lipca Sejm zatwierdził prawo o amnestii, które weszło w życie 23 lipca. Prawo umożliwiało sądom i prokuratorom zarządzanie zwolnień przed 15 września. Amnestia nie objęła więźniów politycznych, którym zarzucano: zdradę stanu, udział w spisku przeciwko Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej, szpiegostwo, sabotaż i działania szkodzące gospodarce socjalistycznej, przygotowania do zdrady stanu lub spisku, członkostwo w stowarzyszeniu szkodliwym dla Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej lub organizacji podziemnej lub kryminalnej tzw. „sabotaż ekonomiczny”, recydywę. Prokuratura mogła skierować do Sądu Najwyższego wniosku o uwolnienie tych więźniów, których przestępstwa wychodziły poza zakres amnestii. Dodatkowo, te osoby, które nie zostały oskarżone do 17 lipca o popełnienie przestępstwa przeciwko państwu lub porządkowi publicznemu mogły korzystać z prawa, jeżeli do 31 grudnia dobrowolnie zgłosiły się i przyznały władzom lub polskim misjom dyplomatycznym lub konsularnym za granicą.
12 września władze ogłosiły, że wszyscy więźniowie polityczni oprócz tych oskarżonych o terroryzm, szpiegostwo, sabotaż lub ujawnianie tajemnic państwowych zostaną uwolnieni w wyniku amnestii. 15 września ogłoszono, że 225 więźniów politycznych zostało uwolnionych.
Nie objęto amnestią niektórych osób uwięzionych za odmowę podjęcia służby wojskowej z powodów religijnych, na przykład Wojciecha Jankowskiego i Jarosława Nakielskiego, obydwu będących członkami Ruchu „Wolność i Pokój” (RWP), który domaga się umożliwienia odbywania służby zastępczej. Wojciech Jankowski został skazany 23 grudnia 1985 roku na trzy i pół roku pobawienia wolności za odmowę podjęcia służby wojskowej (patrz: Raport Amnesty International 1986). Jarosław Nakielski został aresztowany 15 kwietnia za „uporczywą odmowę służenia w wojsku”. Według doniesień został przeniesiony do szpitala psychiatrycznego, z którego uciekł. Został ponownie aresztowany 15 września, kiedy udawał się do władz, aby skorzystać z amnestii. Amnesty International uznało obydwu za więźniów sumienia. Obaj zostali zwolnieni na początku listopada. Inny członek RWP, Ryszard Bonowski, został aresztowany 26 lipca za odmowę podjęcia służby wojskowej. Pozostawał w areszcie do swojego procesu 1 października, kiedy został skazany na dwa lata pozbawienia wolności, w zawieszeniu na trzy lata.
Do Amnesty International dotarły również doniesienia, że w 1986 roku około 300 świadków Jehowy odbywało karę pozbawienia wolności za odmowę podjęcia służby wojskowej. Organizacji udało się ustalić szczegóły tylko w przypadku czterech takich więźniów, z których wszyscy zostali uznani za więźniów sumienia: Zenona Katulskiego, Jana Plitta i Bronisława Krefta, którzy zostali skazani na trzy i pół , dwa i pół i dwa i pół roku pozbawienia wolności, każdy indywidualnie w grudniu 1985 roku; Tadeusza Gorczyńskiego, który został skazany na dwa i pół roku na początku 1986 roku. Według wiedzy Amnesty International wszyscy czterej pozostawali w więzieniu pod koniec 1986 roku.
Organizacja apelowała w sprawie Leszka Moczulskiego, przewodniczącego Konfederacji Polski Niepodległej (KPN) (patrz: Raport Amnesty International 1986), który został skazany na cztery lata pozbawienia wolności 22 kwietnia. Według doniesień odmówiono mu odpowiedniej opieki medycznej po przejściu ataków serca w więzieniu w nocy z 1 na 2 lipca i ponownie 27 sierpnia. Został zwolniony razem z innymi członkami KPN we wrześniu w związku z amnestią. Wśród innych więźniów sumienia objętych amnestią byli czołowi działacze „Solidarności” Władysław Frasyniuk i Bogdan Lis, Jan Kostecki ze Szczecińskiego Komitetu Obrony Prawa, uwięziony 23 maja po odrzuceniu apelacji (patrz: Raport Amnesty International 1986) i Marek Adamkiewicz, którego uwięzienie w 1984 roku doprowadziło do powstania RWP (patrz: Raport Amnesty International 1986).
Amnesty International otrzymała liczne zgłoszenia, że zatrzymani i skazani więźniowie sumienia byli torturowani. Apelowała w sprawie Władysława Frasyniuka, który według doniesień został ciężko pobity przez strażników w więzieniu w Lubsku 26 marca po odmowie współpracy z władzami więziennymi, które chciały zmusić go siłą do przeprowadzki do pojedynczej celi. Przed pobiciem więzień, z którym Władysław Frasyniuk dzielił celę został wyprowadzony, a sąsiednie cele opróżnione. Według doniesień, grupa 30 strażników weszła następnie i systematycznie biła Władysława Frasyniuka pięściami i kopała go w brzuch i plecy. Następnie został zamknięty w izolatce na miesiąc.
Amnesty International otrzymała doniesienia, że niektórym zatrzymanym więźniom politycznym, w związku z postawieniem przed sądem wojskowym, odmówiono prawa do wyboru własnego adwokata. Działaczom „Solidarności” Tadeuszowi Jedynakowi i Bogdanowi Borusewiczowi, aresztowanym odpowiednio w czerwcu 1985 i 11 stycznia 1986 roku, odmówiono, według doniesień, prawników, których wybrali. Obydwaj zostali oskarżeni o „przygotowania do obalenia państwa siłą” z art. 128 w połączeniu z art. 123 kodeksu karnego, ale zostali zwolnieni we wrześniu, jako objęci amnestią.
24 października w Sejmie przeszła ustawa wprowadzająca nowe wykroczenia do Kodeksu Wykroczeń. Zaliczono do nich udział w „akcjach zmierzających do podsycania społecznych niepokojów”, nielegalnej działalności wydawniczej i zakazanych organizacjach, „jeżeli zakres czynu lub jego efekty nie są zbyt rozległe”. Poprzednio takie przestępstwa były zazwyczaj sądzone z art. 282a kodeksu karnego, który przewidywał karę więzienia do trzech lat pozbawienia wolności. Nowa ustawa przekazała takie sprawy do kolegiów do spraw wykroczeń, które mogą zasądzić jako najwyższą karę trzech miesięcy pozbawienia wolności i grzywnę w wysokości 50 000 zł (250 dol.) i gdzie wprowadzono „przyspieszone postępowanie”. W owym „przyspieszonym postępowaniu” śledztwo jest prowadzone tylko przez milicję (bez uczestnictwa prokuratury) i musi zostać zakończone w ciągu 48 godzin. Proces odbywa się na koniec tych 48 godzin, milicja zastępuje prokuraturę, a sprawa jest prowadzona przez jednego sędziego. Można odwoływać się od wyroku. Z powodu szybkości postępowania, Amnesty International była zaniepokojona, że oskarżeni nie będą mieli czasu na przygotowanie obrony. Na przykład 11 listopada Daniel Korona, student, został zatrzymany po tym, jak przez okno w Warszawie wyrzucono ulotki wzywające do upamiętnienia rocznicy odzyskania niepodległości przez Polskę w 1981 roku. 12 listopada został skazany na karę grzywny w wysokości 50 000 zł z art. 52a kodeksu wykroczeń za rozprowadzanie nielegalnych publikacji, czemu zaprzeczał. Według doniesień, jedyny świadek oskarżenia powiedział sądowi na przesłuchaniu, że intuicyjnie wyczuł, że Daniel Korona rozrzucał ulotki, ponieważ zachowywał się podejrzanie opuszczając budynek. Prawnikowi oskarżonego według doniesień odmówiono dostępu do akt sprawy, a początkowo także wejścia na salę rozpraw.
Inny przykład zastosowania „przyspieszonego postępowania” wystąpił po aresztowaniu w Warszawie 15 czerwca Joanny Wierzbickiej-Rusieckiej i pięciu innych osób w związku z drukowaniem nielegalnych publikacji. Na pierwszym przesłuchaniu następnego dnia nie mieli, według doniesień, żadnej pomocy prawnej, oprócz prawnika, który zjawił się w sądzie w innej sprawie i który odmówił reprezentowania ich w związku z nieznajomością sprawy i liczbą oskarżonych. 23 czerwca, kiedy mieli już pomoc prawną, zostali skazani na kary od 12 do 18 miesięcy pozbawienia wolności. Amnesty International była również zaniepokojona doniesieniami, że niektórzy z oskarżonych byli torturowani przez policję po zatrzymaniu. Wszyscy zostali objęci amnestią i zwolnieni.
Po amnestii Amnesty International dalej otrzymywała raporty o osobach aresztowanych i zatrzymanych na krótko w związku z korzystaniem ze swojego prawa do pokojowego korzystania z wolności słowa. Co najmniej 22 osoby tylko w Warszawie i Krakowie zostały zatrzymane i skazane na karę grzywny przez kolegium do spraw wykroczeń za uczestnictwo w pokojowych demonstracjach 11 listopada upamiętniających rocznicę odzyskania przez Polskę niepodległości po pierwszej wojnie światowej. W grudniu wśród tych zatrzymanych i skazanych na karę grzywny znaleźli się Franciszek Kocik i Stanisław Szyba. Niektórym osobom kolegia do spraw wykroczeń skonfiskowały także samochody za przewożenie nielegalnych publikacji.
Amnesty International dowiedziała się o orzeczeniu siedmiu wyroków śmierci i przeprowadzeniu dwóch egzekucji, w obydwu przypadkach za morderstwo.
Tłumaczyła Julia Zimmermann