23 stycznia 2005 roku, w dniu złożenia przez Wiktora Juszczenkę przysięgi prezydenckiej, Sekretarz Generalny Amnesty International, Irene Khan, zwróciła uwagę nowego prezydenta na kilka kwestii związanych z prawami człowieka, którymi według organizacji należy się jak najszybciej zająć. Amnesty International wezwała ukraińską administrację do zapewnienia lepszej ochrony praw człowieka na Ukrainie. Organizacja zaapelowała m.in. o ustanowienie zgodności pomiędzy stosownym ustawodawstwem a konstytucją Ukrainy, a także międzynarodowymi prawami i standardami ochrony praw człowieka.
Trzy miesiące później, 3 maja 2005 roku, Amnesty International ponownie wystosowała pismo do władz ukraińskich, tym razem do ministra sprawiedliwości, Romana Zwarycza, w związku z dwoma przypadkami torturowania i znęcania się. Organizacja poczyniła zalecenia, aby prawa ludzi przebywających w areszcie były chronione zgodnie z międzynarodowymi traktatami dotyczącymi praw człowieka, których Ukraina jest stroną.
Na początku 2004 roku, policjanci z Simferopola na Krymie zatrzymali sześć osób – trzech mężczyzn i dwie kobiety, z których jedna miała przy sobie 18 – miesięcznego synka. Do zatrzymania doszło w związku z napadem, który miał miejsce rok wcześniej. Policja traktowała mężczyzn jako podejrzanych o popełnienie przestępstwa. Według relacji byli oni wielokrotnie bici, grożono im oraz zmuszono do podpisania zeznań, które później wycofali. Mężczyzn tych wypuszczono bez postawienia zarzutów. Jeden z nich trafił do szpitala ze względu na obrażenia. Dwie kobiety przesłuchiwano w charakterze świadków. Podobno były bite. 18-miesięcznego chłopca, który wówczas był chory i miał wysoką temperaturę, zabrano od matki aby zmusić ją do zeznawania przeciwko trzem mężczyznom. Żadne z nich nie miała w areszcie dostępu do prawnika. Wszyscy wnieśli skargę do oskarżyciela publicznego regionu Simferopol, ale zgodnie z wiedzą Amnesty International, do dnia dzisiejszego nie podjęto żadnych kroków, by wszcząć dochodzenie w sprawie tych zarzutów ani nie zawieszono policjantów odpowiedzialnych za złe traktowanie zatrzymanych.
W 2001 roku, policjanci z komendy policji w mieście Czernihów podobno pobili i torturowali członków trzyosobowej rodziny, którym zarzucano posiadanie pistoletu gazowego oraz przywłaszczenie wiertarki marki Bosch. Zgodnie z doniesieniami, ojciec, syn oraz matka byli początkowo bici na terenie własnego domu przez policjantów w cywilu. Działo się to na oczach sąsiadów. Następnie ojca i syna zabrano na komendę policji, gdzie byli podobno poddawani torturom i straszeni gwałtem. Ze względu na obrażenia trafili do szpitala, gdzie lekarze stwierdzili wstrząs mózgu, złamane żebro, szramy, stłuczenia oraz uszkodzoną błonę bębenkową. Odpowiedzialni za wyrządzenie tych obrażeń policjanci próbowali nakłonić członków rodziny do „dobrowolnego” zwrócenia przedmiotu, nie jako dowodu, ale podobno dla zysku. Zgodnie z wiedzą Amnesty International, do dzisiejszego dnia policjanci z regionu Czernihów nie stanęli przed sądem, a ofiarom nie zaproponowano odszkodowania.
Według Komisji Praw Człowieka ONZ jak i Europejskiego Komitetu do Spraw Zapobiegania Torturom oraz Nieludzkiemu lub Poniżającemu Traktowaniu albo Karaniu (CPT), Ukraina nie wywiązuje się ze swych zobowiązań w kwestii zapobiegania torturom. W grudniu CPT opublikował raport z wizyty na Ukrainie w 2002 roku. Wnioski tego dokumentu były powtórzeniem wniosków poprzednich raportów. Stwierdzono, że „ludzie pozbawieni wolności przez policję są w dużym stopniu narażeni na maltretowanie fizyczne w momencie zatrzymania lub podczas pobytu w areszcie”.
W trakcie zeszłorocznych wyborów prezydenckich, Amnesty International zaapelowała do ówczesnego ministra spraw wewnętrznych o zapewnienie całkowitego respektowania prawa do wolności słowa i zgromadzania się oraz zasady proporcjonalności w sprawie użycia siły. Jednakże działacze opozycyjni byli zatrzymywani, a z niektórymi z protestujących policja źle się obchodziła.
Arbitralnie zatrzymano i nękano członków młodzieżowej organizacji opozycyjnej „Pora”. 21 października Aleksander Tsitsenko został zatrzymany przez zamaskowanych funkcjonariuszy policji podczas zbierania ulotek i nalepek. Cztery dni później wypuszczono go bez postawienia zarzutów. 21-letni Andriej Kulibaba został zatrzymany 20 października w Winnycji. Skazano go na 10 dni aresztu za „celowe niewykonywanie poleceń policji”. Wyrok został następnie zastąpiony grzywną. Mężczyznę wypuszczono 23 października.
21 października w Winnycji zatrzymano 18-letniego Aleksandra Pugacza za to, że odmówił policjantom podania swojej tożsamości. Kilka minut po tym, jak został zwolniony z odpowiedzialności za to wykroczenie, na schodach prowadzących do budynku sądu zatrzymano go za „chuligaństwo”. Wprawdzie następnie odstąpiono od postawienia zarzutów tym trzem mężczyznom, jednakże członkowie „Pory” stanowili cel policji w czasie poprzedzającym wybory.
Obecny prezydent Ukrainy, Wiktor Juszczenko, obiecywał w styczniu 2005 roku, że ludzie odpowiedzialni za „zaginięcie” opozycyjnego dziennikarza Georgija Gongadze, które miało miejsce we wrześniu 2000 roku, zostaną oddani w ręce sprawiedliwości. 2 marca prokurator generalny obwieścił, że zagadka zabójstwa została rozwikłana, zatrzymano dwóch podejrzanych oraz że za morderstwem stali członkowie milicji i służby wywiadowczej. Podobno dwóch podejrzanych przyznało się przed 4 kwietnia. Jednak ostatnio postęp w tej sprawie został zahamowany. 19 kwietnia komisja badająca sprawę tego zabójstwa nie przedstawiła raportu na posiedzeniu Parlamentu, podobno na polecenie prezydenta Juszczenki.
Amnesty International zwróciła uwagę władz ukraińskich także na inne niepokojące kwestie: sytuację uchodźców, dyskryminację oraz przemoc wobec kobiet.
Uchodźcy
W czerwcu 2004 roku Zgromadzenie Parlamentarne Rady Europy zwróciło się do Ukrainy o przestrzeganie podstawowych zasad prawa międzynarodowego dotyczących ochrony uchodźców i osób ubiegających się o azyl oraz o wykazanie zaangażowania i woli politycznej w zajmowaniu się problemami migracji. Ukraińskie prawo dotyczące uchodźców łamie standardy międzynarodowe, ponieważ wyznacza restrykcyjny limit czasowy, w którym osoby ubiegające się o status uchodźcy mogą dostarczać wnioski. Na Ukrainie wynosi on od 3 do 5 dni po przyjeździe.
Przemoc wobec kobiet
Rosja i Turcja nadal są głównymi krajami docelowymi, dokąd trafia większość dziewcząt i kobiet wywożonych z Ukrainy w celach seksualnych. Rząd podjął kroki by rozwiązać ten problem. Po wprowadzeniu do Kodeksu Karnego Artykułu 149, zgodnie z którym handel kobietami jest przestępstwem, liczba osób oskarżonych wzrosła. Jednakże nadal zapada niewiele wyroków skazujących. Sędziom często brakuje doświadczenia w tym zakresie, a ponadto kobiety i dziewczęta, które padły ofiarą handlu, rzadko mają możliwość skorzystać z tzw. ochrony świadka. Chociaż w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych utworzono specjalny departament zajmujący się kwestią handlu kobietami, funkcjonariuszom często brak odpowiednich środków oraz odpowiedniego przeszkolenia.
Dyskryminacja
Według doniesień, antysemickie i rasistowskie ataki miały miejsce wielu rejonach Ukrainy. Członkowie żydowskiej społeczności w Doniecku donoszą o gwałtownym wzroście działań o charakterze antysemickim. Policja zaprzeczała jakoby ataki na cmentarze żydowskie i świątynie miały podłoże rasowe. W Odessie wzrosła liczba ataków na obcokrajowców, zwłaszcza pochodzenia afrykańskiego; wiele z nich przypisano grupom skinheadów.