17 maja podczas konferencji prasowej w Taszkiencie, prokurator generalny powiedział, że zatrzymano 81 osób podejrzanych o udział w siłach powstańczych i że postawiono im zarzut próby wystąpienia przeciwko porządkowi konstytucyjnemu, organizowania masowych zamieszek i popełnienia morderstw. Kontakt z Andiżanem i dostęp do miasta jest cały czas utrudniony. Nie ma więc pewności, czy zatrzymani mają dostęp do prawnika, opieki medycznej i krewnych oraz czy przebywają w nieznanych miejscach. Ryzyko stosowania tortur jest szczególnie wysokie w przypadku więźniów zatrzymanych w takich warunkach. W ostatnich latach Amnesty International otrzymała setki raportów o torturach stosowanych w takich przypadkach, mających na celu skłonienie zatrzymanych do składania zeznań potwierdzających ich przynależność do nielegalnych organizacji islamistycznych. Władze Uzbekistanu oskarżyły członków i osoby wspierając lokalny ruch islamistyczny Akramia o próby zorganizowania zbrojnego powstania w Andiżanie, które miałoby na celu utworzenie w Uzbekistanie państwa islamskiego. Ruch ten jest kojarzony przez władze z nielegalną opozycyjną partią islamistyczną Hizb-ut-Tahrir, która została uznana za organizację terrorystyczną.
Amnesty International jest szczególnie zaniepokojona informacjami, że wśród zatrzymanych w związku z wydarzeniami 13 maja jest co najmniej trzech obrońców praw człowieka. Istnieje obawa, że mogli oni być aresztowani za swoją działalność: obrońcy praw człowieka monitorowali wydarzenia w Andiżanie, informowali o powszechnym i nadmiernym użyciu siły wobec nieuzbrojonych cywilnych demonstrantów przez wojska rządowe oraz próbowali, ponosząc osobiste ryzyko, przekazać te informacje do publicznej wiadomości.
Władze Uzbekistanu zaprzeczyły, jakoby wojska rządowe używały siły w nadmiernym stopniu i że zabiły cywilów, w tym kobiety i dzieci. Według oświadczenia Ministra Spraw Zagranicznych z 18 maja, w starciu między wojskiem a rebeliantami w Andiżanie zginęło 170 osób, w tym 37 oficerów sił bezpieczeństwa oraz przechodnie zabici przez powstańców. W oficjalnym raporcie rządowym umieszczono wśród ofiar trzy kobiety i dwóch nastolatków, zatrzymanych jakoby przez rebeliantów. Raporty rządowe wyraźnie kontrastują z zeznaniami świadków, według których siły rządowe strzelały bez rozróżniania i bez ostrzeżenia do tłumu demonstrantów, zebranych w centrum Andiżanu. Nieoficjalne źródła szacują liczbę ofiar na 500 osób. Osoby, które przeżyły i uciekły z Andiżanu do sąsiedniego Kirgistanu, powiedziały dziennikarzom, że żołnierze wciąż strzelali nawet do ludzi uciekających i chcących znaleźć schronienie. Amnesty International jest także zaniepokojona doniesieniami o pozasądowych egzekucjach dokonanych przez wojsko. Dziennikarze z Institute of War and Peace Reporting (IWPR), międzynarodowej pozarządowej organizacji prasowej, przeprowadzili wywiad z naocznymi świadkami, którzy opisywali żołnierzy zabijających strzałami w głowę rannych demonstrantów leżących na ziemi.
Amnesty International jest też poważnie zaniepokojona doniesieniami o siłach rządowych strzelających do ludzi próbujących przekroczyć granicę z Kirgistanem. Mężczyzna, który został zraniony podczas próby przejścia do Kirgistanu razem z grupą demonstrantów uciekających z Andiżanu, stwierdził w wywiadzie dla IWPR, że siły rządu Uzbekistanu bez ostrzeżenia otworzyły do nich ogień gdy zbliżali się do granicy w wiosce Teshiktash. Według mężczyzny zginęły wówczas co najmniej dwie kobiety i trzech mężczyzn. Amnesty International apeluje do rządu Kirgistanu, by podjął wszelkie możliwe środki dla zapewnienia bezpieczeństwa i ochrony osobom szukającym schronienia na ich terytorium i do zagwarantowania im, że nie będą musiały wrócić do Uzbekistanu, gdzie ich prawa człowieka są zagrożone.
Raporty naocznych świadków – takie, jak te przytoczone powyżej – skłaniają Amnesty International do wezwania władz Uzbekistanu, by zatroszczyły się one o niezależne zbadanie działań swoich służb i o przeprowadzenie natychmiastowego, niezależnego dochodzenia z udziałem międzynarodowych ekspertów w sprawie tych wydarzeń oraz pociągnięcie do odpowiedzialności osób w nie zaangażowanych i o publiczne przedstawienie wyników tych badań. Amnesty International zauważa, że także UNHCR „wzywa do przeprowadzenia niezależnego dochodzenia w sprawie wydarzeń i okoliczności wypadków we wschodnim Uzbekistanie”.